Часть 1
История Final Fantasy IX начинается с того, что Зидан вместе с театральной группой Танталус похищает принцессу Гарнет на праздновании её шестнадцатилетия. В ходе похищения выясняется, что принцесса сама хочет сбежать и отправиться в Линдблюм к регенту Сиду. Но театральный воздушный корабль, Прима Виста, повреждённый во время побега из Александрии, падает и разбивается в Зловещем Лесу. Зидан и Гарнет отправляются в Линдблюм пешком, сопровождаемые Виви и Штайнером, которые находились рядом с самого начала похищения. В ходе путешествия принцесса Гарнет берёт себе кличку «Даггер» (кинжал) и пытается слиться с простым народом. Партия попадает на фабрику по производству Чёрных Магов, которые производятся для нужд армии Александрии. Королева отправляет троих самых сильных чёрных магов для того, чтобы те вернули Гарнет, но безуспешно. В Линдблюме Зидан встречает старую подругу Фрею и участвует в ежегодном чемпионате по охоте на монстров. Регент Сид, превращённый своей женой в оглопа, принимает партию. Выясняется, что это именно он нанял бандитов Танталуса для похищения, так как был взволнован возрастающей агрессией королевы Брахны. Неожиданно герои узнают, что Бурмеция была атакована александрийской армией. Даггер и Штайнер отправляются в Александрию для того, чтобы отговорить королеву вести войну. А Зидан, Виви и Фрея берут курс на Бурмецию. Здесь они встречают королеву Брахну, Беатрису и помогающую александрийцам в войне странную личность - Куджу.

Часть 2
Даггер и Штайнер благополучно добираются до Александрии. Королева Брахна извлекает эйдолонов из тела принцессы и атакует с помощью них королевство Клейра. Зидан, Фрея и Виви после посещения Клейры отправляются в Александрию и спасают Даггер, и вместе с ней отступают в Линдблюм. Регент Сид рассказывает героям, что за всеми злодеяния Брахны стоит поставщик оружия Куджа. Партия по подземному туннелю отправляется на Внешний континент, где должна располагаться штаб-квартира Куджи. По пути присоединяется новый персонаж – Квина. Дорога сводит героев с шестилетней девочкой Эйко, которая живёт одна в деревне-руинах Мадаин Сари. Партия проникает в Дерево Иифы и уничтожает источник распространения тумана. По возвращении в Мадаин Сари происходит стычка с наёмным убицей Амарантом, которого наняла Брахна для захвата Даггер, он вскоре тоже присоединяется к партии по своим личным причинам. Даггер постепенно начинает понимать, что она тоже относится к расе вызывателей, и родом она тоже из Мадаин Сари. Вблизи Дерева Иифы королева Брахна разворачивает свой флот против Куджи и атакует его мощнейшим эйдолоном Багамутом. Но Куджа, с помощью огромного воздушного корабля, берёт власть над Багамутом, убивает Брахну и уничтожает её флот.

Часть 3
Партия возвращается в Александрию, и Гарнет становится королевой. Спустя некоторое время Куджа атакует Александрию с помощью Багамута. Эйко и Гарнет вызывают легендарного эйдолона Александра для защиты замка. Куджа пытается взять контроль и над Александром, но ему мешает загадочный старик по имени Гарланд, который уничтожает эйдолона и большую часть города. Кудже нужны сильные эйдолоны для победы над Гарландом, и он концентрирует своё внимание на Эйко. Герои отправляются в пустынное убежище Куджи, но тот их обманывает и сбегает вместе с Эйко. Во время извлечения эйдолонов карманный мугл Эйко Мог впадает в транс и превращается в свою реальную форму – эйдолона Мадин, прерывая таким образом процесс. Партия спасает Эйко и находит Хильду, которая превращает Сида обратно в человека. Теперь он может закончить строительство летающего корабля, работающего без действия тумана. С благословления Хильды партия преследует Куджу в Терре путём открытия портала. В терранском городе Бран Бал выясняется, что Гарланд был создан терранцами для соединения двух миров Терры и Гайи, так как первый находился на грани вымирания. Гарланд создал геномов, которые должны были стать носителями душ терранцев. Куджа собирает необходимое количество душ и впадает в транс. Он убивает Гарланда и уничтожает Терру, а герои тем временем спасают геномов и возвращаются в Гайю. По возвращении выясняется, что туман теперь окутывает весь мир.

Часть 4
Объединившись с силами Бурмеции, Линдблюма и Александрии, герои отправляются в Дерево Иифы, где телепортируются в загадочный мир под названием Мемория. Дух Гарланда проводит партию к Кудже. После поражения Куджа разрушает кристалл жизни и активизирует Некрона – чистое зло, которое хочет уничтожить всё живое. Победа над Некроном приводит к разрушению Мемории и Дерева Иифы. Пока партия эвакуируется, Зидан бросается спасать Куджу и погибает вместе с ним. Спустя некоторое время Александрия отстраивается, а группа Танталус выступает перед королевой Гарнет. Во время представления один из актёров снимает свою мантию и оказывается Зиданом. В финальном ролике демонстрируется встреча Зидана и Гарнет. В других сценах показывают детей Виви; Штайнер и Биатриса возвращаются к старой работе стражниками; Эйко удочеряется регентом Сидом и Хильдой; Фрея соединяется со своей любовью – Сером Фрэтли; а Квина обосновывается на кухне Замка Александрии.